Sukupuolitautien ehkäisyyn ei ole olemassa täysin varmaa keinoa, ellei halua viettää koko loppuelämäänsä näkemättä muita ihmisiä. Riskejä sukupuolitautien tarttumisen suhteen voi kuitenkin yrittää minimoida parhaansa mukaan.

Kondomin käyttö on eräs tehokkaimmista tavoista estää sukupuolitauteja. Vaikka kondomin käyttö ei suojaa täysin varmasta sukupuolitautitartunnoilta, se pienentää suurimmassa osassa tapauksessa riskejä huomattavasti. Kondomin käyttöä varten kannattaa harjoitella ja opetella oikea asettaminen, jotta teho säilyisi parhaana mahdollisena. Irtosuhteita ilman kondomia ei kannata harrastaa, sillä riski tartuntaan on suuri.

Joitain virusperäisiä tauteja, kuten hepatiittia ja joitain papilloomaaviruksia vastaan on kehitetty rokotteita.

Suhteen molempien osapuolien kannatta käydä sukupuolitautitesteissä jos siirrytään käyttämään jotain muuta ehkäisymuotoa. Useat taudeista saattavat olla oireettomia, joten toinen osapuoli saattaa tietämättään kantaa jotakin sukupuolitautia. Sukupuolisuhteissa kannattaa aina käyttää tervettä järkeä, ja tutustua esimerkiksi sukupuolitautien oireisiin ja tarttumistapoihin kunnolla jo etukäteen.